対数変換後のProcessed値
- By: agari
- Date: 2009-07-23 19:58:18
シグナルの対数変換について質問です。
Control vs Treatでreplicate 4枚づつのデータで、ControlのRaw値のmeanよりTreatのRaw値のmeanが小さいにもかかわらず、Log transformation(Base:2)すると、Treatの方が大きくなりました。
以下がその実例です。
Measured_ID, Raw_Ctrl, Processed_Ctrl, Raw_Treat, Processed_Treat
A, 7.2, 2.573899191, 6.2, 2.609718543
B, 209.025, 7.681676255, 261.55, 7.93659092
C, 388.975, 8.586700748, 438.95, 8.748628143
遺伝子AのMean(Raw)は、それぞれCtrl:7.2, Treat:6.2ですが、これにLog変換だけを適用したところ、大小が逆転しています。
また、全ての遺伝子について、Log変換後の値が、微妙にLog2(Mean(Raw))からずれています。もしかしたら、単にMean(Log2(Raw))だという事かもしれませんが。
データを確認いたしました。
送って頂いた.ssaファイルを確認したところ、Ratio To Control Samplesのブロックの設定に誤りがありました。ご都合のよいときに、Helpdeskへコールしてください。正しい設定方法をお教えします。
また、GeneSpringとのノーマライズの差は、平均値の取り方の差にもあります。GeneSpringでは、ノーマライズの段階では相加平均を使っているのに対し、繰り返し実験の平均値をとるところでは相乗平均を使っています。この差によって、コントロールにおけるノーマライズ値が”１”にならないという現象が発生します。Subio Platformでは、一貫して相乗平均を用いるため、このようなズレが生じません。