Platformの更新について
- By: tayac@subio
- Date: 2011-12-27 16:47:36
Subio Platformでのannotation の取り扱い
Subio Platformでは、annotationをPlatformに格納します。PlatformはData Manager画面の上側になります。
annotation file とは何か？
個々の測定点についての注釈をannotationと呼んでいます。DNAマイクロアレイの場合には、アレイ上の個々のプローブについての情報のことで、例えばプローブを設計した遺伝子の名前や、そのGenBank accessionなどのことです。市販のDNA マイクロアレイを使う場合には、メーカーがそれぞれのプローブについての複数の注釈をまとめたannotation fileを提供していますので、それを利用するのがよいでしょう。
その他にも、それぞれの測定点の化学的な性質や、文献や前に行った実験から明らかに
なっていることなどを一覧表形式で読み込んでいくことができます。それらは解析途中に常に参照できます。
Platformを更新する理由
市販のDNAマイクロアレイには、メーカーが提供する annotation fileがありますが、プローブが設計当初指し示していたRefSeqの中には改訂されるものもあります。このような改訂により、プローブを元にしたアノテーションファイルは、当然更新されるものです。それに従ってPlatformも更新していくとよいでしょう。
また、実験者が独自の方法で入手したプローブの情報も、annotation fileに盛り込むと便利です。過去の実験結果、研究分野で独特のカテゴリー分けなどがこれに相当します。
＜手順＞
１．更新する内容を含むアノテーションファイルをタブ区切りテキストの形式で用意する。
２. Data Manager タブから更新するPlatformを選び、「Edit Platform」ボタンを押す。
３．編集画面の「Look up」ボタンを押し、ウィザードに従って更新する。
Look upの使い方は動画を参照下さい。
http://www.screencast.com/t/ddwaJBBB
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