Affymetrix GeneAtlas をお使いの方へ
- By: tabukov@subio
- Date: 2010-05-12 13:29:52
AffymetrixのGeneAtlasは、コストパフォーマンスと簡便さに優れており、マイクロアレイをより身近な実験ツールにしてくれる画期的なシステムだと思います。
http://www.affymetrix.com/jp/products_services/instruments/specific/geneatlas.affx
GeneAtlasから出力されるCELファイルは、Affymetrixが提供するExpression Consoleというソフトウェアを使って、PLIERまたはRMAによるサマライズをしてから、Subio Platformにインポートします。この手順については、下記のムービーをご覧ください。
http://www.screencast.com/t/NTBiYzkw
もちろん、この操作が難しいと思われる方は、ヘルプデスクへ依頼することができます。ムービーをご覧になって、ご自身でやれそうならそうして頂いて、難しそうならヘルプデスクへ作業代行を依頼してください。
ちなみに、GeneAtlasのデモデータは下記より入手できます。
http://www.affymetrix.com/browse/products.jsp?productId=prod260003&categoryId=cat150008#1_3
しかし、CELファイルだけあっても見るのは難しいと思いますので、このサンプルデータをssa形式にしてみました。ただし、サマライズはPLIERを使っています。GeneAtlasに興味のある方はご覧ください。
https://www.sugarsync.com/pf/D664412_76_8681162101
ssaファイルをSubio Platformにインポートしてみるのは、下記のとおりとても簡単です。
http://www.screencast.com/t/OTM2MDE1YTg
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