Platformとは
- By: tayac@subio
- Date: 2010-03-08 16:08:29
QUESTION：
データをインポートするときには、まずPlatformを作って、ということですが、Platformとは何ですか。どのように作ったらいいですか。
ANSWER:
Platformは、マイクロアレイの種類ごとに、どんな名前のプローブが全部でいくつあるのかを規定し、それぞれのプローブの内容（アノテーション）を設定するものです。
http://www.subio.jp/forum/detail/id/233
にも説明があります。
INSTRACTION：
詳細はData Import and Analysis Guideの6ページからをご覧ください。
http://www.subio.jp/share/data_import_and_analysis.pdf
1． Platformのファイルを用意します。
プローブIDとそのアノテーションの一覧表をタブ区切りテキストで用意します。マイクロアレイの会社から提供される時には、annotation fileと呼ばれていることもあります。一覧表の一番上の行には、各項目の名前を記したヘッダが必要です。ヘッダはファイルの1行目である必要はありません。ファイルの先頭に注釈行などが入っていても、後のステップで除くことができます。また、ヘッダ行には空白のセルがないようにします。
2．Subio Platformを起動し、画面上側のタブをData Managerに切り替えて、上側のPlatformのボタンの一番左側にあるNew Platformボタンをクリックします。
3．New Platformの画面が開くので、下の欄にファイルを指定します。アイコンをドラッグして入れるか、Select Fileボタンを押して、explorer (MacではFinder)を表示して、ファイルを指定します。1行目である必要はありません。
4．Nameの欄に、Platformの名前を書き入れて、Nextボタンを押します。
5．次の画面では入力したファイルの内容が表示されます。うまく表示されない場合には、正しく読み込まれていませんので、Cancelして、もう一度ファイルの形式を確認して下さい。
6．何行目がヘッダになるのか、何列目がMeasurement IDになるのかを指定します。Measurement IDは各サンプルのデータと、つき合わせをするためのプローブのIDを表示している列です。それぞれセルが、黄褐色と、みず色に表示されます。
7．Next をクリックして、Platformの作成は終了です。
No comment.