使ってみた感想
- By: agari
- Date: 2009-10-23 13:55:11
Ver 1.0のリリース当日からずっと使ってきたので、ここら辺で感想を書いてみます。
まず、何より、本体部分が無料のビューアーであることがすばらしいです。
自分の解析結果を.ssaでエクスポートすれば、Basic Plug-inライセンスを購入していない人でも、無料でデータを閲覧できるので、解析結果をメールに添付して送付し、ディスカッションすることが簡単になりました。今までは、グラフをいくつも画像として保存したり、数値をTabテキストやExcelのテーブルにして受け渡ししていましたが、とてもわかりやすい資料とは言えませんでしたが、今は、.ssaを添付して、SubioのURLをつけておけば、誰にでもアレイの解析結果を渡すことができます。
以前のバージョンでは、遺伝子の選択や検索で不便な面がありましたが、Filter機能が強化され、Resultsの値でフィルタリングできるようになったので、その問題もなくなりました。
個人的に気に入っているのは、ゴミ箱の機能とData Managerの出来の良さです。
数百枚のアレイデータを扱っていると、複数の実験で共通して使えるコントロールデータなども多く、かなり気をつけていないと、同じデータを何度も重複してSamplesにインポートしてしまいますが、Subioでは、既存のデータは、ファイル名さえ変えていなければ、インポート時に自動で除外してくれるので、細かいことは気にせず、フォルダの中身を丸ごと、Drag & Dropすれば良かったりします。
新しいアレイのデータが追加され、Seriesに含めるSamplesを変更する場合も、ほかのソフトに比べてとても簡単です。
また、どのSeriesにも使われていない不要なSampleを探し出すのも一発です。
Samplesを全選択して、ゴミ箱ボタンをクリックすると、Seriesに登録されているものは削除されず、要らないものだけがゴミ箱に入ります。
samplesでもseriesでも、measurement listでも、ゴミ箱に入れたものは全て、Trash Canで指定した期間は消されずに復元可能なので、間違いを気にせずに気楽に操作できます。OSでは当たり前の機能ですが、アレイの解析ソフトに、ゴミ箱があることがこんなに便利とは思いませんでした。
Ver 1.6になって、私が欲しかった機能は、ほぼ揃ったと思います。
あえて欲を言えば、BH FDR以外に、Storayのq-valueも計算できるとありがたいですが、クリップボードやテキストファイル経由で、簡単に数値を出し入れできて、R + Bioconductorとの連携が容易なので、Subioに実装されていない計算をしたい時も、それほど困りません。
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